Die EZLN glaubt fest, daß der Aufbau von Autonomie in allen Lebensphären verschiedene Prozesse einschließt. Sie ist im Moment vor allem daran interessiert, einen Pfad zu diesem Ziel zu schlagen. Den Weg freizumachen bedeutet nichts weniger, als die revolutionäre Veränderung des politischen Systems Mexikos. Der Weg zur Autonomie der Tierra ist politische Libertad.
'Wir schlagen einen freien Raum vor', sagt Marcos in einem Interview, 'ein Gleichgewicht zwischen den verschiedenen politischen Kräften, damit jede Richtung die gleiche Chance hat, die politische Richtung dieses Landes zu beeinflussen ... Der Rest des Landes sollte nicht nur Zuschauer sein ... Das Volk muß entscheiden, welchen Vorschlag es annehmen will, und du mußt das Volk überzeugen, daß deine Meinung die richtige ist. Dies wird das Konzept von Revolution, wer die revolutionäre Klasse, was eine revolutionäre Organisation ist, radikal verändern ... Die zapatistische Revolution schlägt nicht die Machtübernahme vor ... Wir sagen 'Zerstören wir den Staat, dieses staatliche System. Öffnen wir einen Freiraum und konfrontieren wir das Volk mit Ideen, nicht mit Waffen'.' Was er beschreibt, scheint eine lokale und das ganze Land erfassende Verallgemeinerung des politischen Prozesses der direkten Demokratie zu sein, der sich in den Bergen von Chiapas entwickelt hat.
Als ersten Schritt der Transformation rief die EZLN zum Rücktritt (oder Sturz) der jetzigen undemokratischen PRI-Regierung auf und ihrer Ersetzung durch eine Übergangsregierung 'aus Leuten, die mit Ansehen außerhalb der Parteien und die moralische Autorität zur Führung des Landes besitzen.' Dieser Aufruf wurde von der EZLN im Junikommuniqué wiederholt, mit dem sie die Position der Regierung nach der ersten Verhandlungsrunde ablehnt.
Sie arbeiteten ihren anfänglichen Vorschlag aus und riefen die mexikanische Zivilgesellschaft zur Organisierung eines 'Nationalen Dialogs für Demokratie, Freiheit und Gerechtigkeit'. Auf lokale Diskussionen 'in jedem ejido, jeder Siedlung, Schule oder Fabrik', so schlagen sie vor, könnte die Bildung von Komitees folgen, die Vorschläge für eine neuen Verfassung und die Politik einer neuen Regierung sammeln. Diese Ortskomitees wiederum könnten eine 'Nationale Revolutionäre Demokratische Versammlung' organisieren und die Übergangsregierung und eine neue Verfassung schaffen. Die EZLN schlägt sich selbst als Kern einer neuen Armee vor, 'um sicherzugehen, daß der Wille des Volkes ausgeführt wird'.
Natürlich sind solche Vorschläge von der Zentralregierung sofort abgelehnt worden. Aber gleichzeitig hat der Aufstand der EZLN und ihre kühnen Forderungen einen Wirbelwind an politischer Diskussion in Mexiko und Herausforderungen des existierenden Systems geschaffen, wie seit der Revolution von 1910 nicht mehr.